Democracia y ciencia: investigadoras debaten el acceso al conocimiento

Hace cinco años, Daniel MacArthur se propuso construir una enorme biblioteca de secuencias de genes humanos, una de las más grandes de la historia. Las 60.706 secuencias crudas, recogidas de colegas de todo el mundo, necesitaron un petabyte de memoria. Era el tipo de proyecto llamativo y de gran éxito que aseguraría a MacArthur un lugar codiciado en una de las tres principales revistas científicas, lanzando su nuevo laboratorio en el Broad Institute en el centro de la atención del mundo científico. Pero antes de todo lo que pasó, hizo algo que contó como un acto de radicalismo en el mundo de la biología: lo puso en internet.

Publicar documentos científicos en la red antes de que sean revisados por otras investigadoras -algo denominado ‘archivos de preimpresión’- no es una idea nueva. Las físicas han estado publicando su trabajo de esta manera, gratis y para el público, durante décadas. Pero para las biólogas, las preimpresiones son un territorio desconocido. Y ese territorio se está expandiendo rápidamente a medida que la academia y sus grandes financistas cambian hacia una cultura de apertura. Como las preimpresiones se vuelven más populares, están llevando al sector a un estado de incertidumbre.

La investigación científica suele ir así: la investigadora ejecuta el experimento, analiza los datos y los escribe. En la biología que estudiamos en la secundaria, el proceso se detiene allí. Pero en la vida real, ahí es cuando comienza el verdadero trabajo. Las investigadoras presentan sus resultados a la revista más prestigiosa que piensan que podría publicarlos … y luego esperan. Si la presentación es rechazada, prueban otra revista. Entonces esperan otra vez. Una vez que son aceptadas, pasan por un ciclo de revisión de pares, respondiendo a las críticas de un grupo anónimo de colegas. En promedio, las investigadoras biomédicas tardan ocho meses en pasar de la presentación a la publicación, pero a veces tardan hasta tres años. Durante todo el proceso, el progreso científico -la construcción secuencial del conocimiento, basada en el trabajo de las demás- se detiene.

Ese proceso lento y riguroso deja a las editoriales académicas -incluyendo grandes nombres como Springer Nature, Wiley y Elsevier- con control sobre el flujo del conocimiento científico. Al vender ese conocimiento nuevamente a las universidades, a las académicas y al público general en suscripciones costosas y honorarios por artículo, la industria global recauda más de u$s 24 mil millones en ingresos cada año. Pero desde principios de los años 2000, científicas y poderosas donantes como la Fundación Gates, la Fundación Ford y el Wellcome Trust han defendido alternativas a la publicación de suscripciones. Las donantes quieren profundizar el impacto público de sus dólares dedicados a investigación, lo que significa derribar los costosos ‘muros’ que dividen sociedad y conocimiento. Y las investigadoras quieren romper con el casamiento con las revistas ‘de marca’, cuyos incentivos, creen, están distorsionando la calidad de la ciencia moderna.

“Este es un punto de inflexión en la biología. Es una elección cultural, no una cuestión tecnológica”.
STEPHEN QUAKE

Los archivos de preimpresión podrían resolver estos problemas al disociar la distribución de los resultados de a través de la revisión por pares. Pero las editoras y algunas científicas se preocupan de que sólo diluyan aún más la literatura de investigación y pongan en peligro los campos que ya están luchando con fallas de reproductibilidad. Y puesto que las preimpresiones también amenazan con diluir los ingresos en las editoriales académicas, hay más que la integridad científica en juego.

Daniel MacArthur, como la mayoría de las científicas que probaron el esquema de preimpresión, no abandonó totalmente la pista de publicación científica tradicional. Su biblioteca de referencia de exoma humano fue finalmente publicada en Nature, y pasaría a ser citada más de 800 veces. Pero debido a que publicó tanto el conjunto de datos como la preimpresión explicándolo más de nueve meses antes de que saliera la versión revisada por pares, otras científicas no tuvieron que esperar para comenzar a usar sus datos. Entre octubre de 2015 y agosto de 2016, las científicas accedieron 3 millones de veces a su investigación de exoma recientemente compilados y descargaron las preimpresiones más de 18.000 veces. Juntas, ayudaran a las investigadoras a iniciar nuevas investigaciones sobre los factores genéticos que causan enfermedades como la esquizofrenia, el Alzheimer y el cáncer.

Esta es, pues, el doble beneficio de las preimpresiones: las científicas pueden mostrar sus contribuciones académicas a posibles donantes mientras sus manuscritos están siendo revisados ​​por pares para su publicación. Y al mismo tiempo, la comunidad científica llega a ver ese trabajo meses o incluso años antes de lo que lo harían sin las preimpresiones.

¿Con qué rapidez las preimpresiones podrían acelerar el descubrimiento científico? Según Stephen Quake, una bioingeniera de Stanford, si una preimpresión inspiró el trabajo de tan sólo dos personas más, las biólogas verían una aceleración de cinco veces en el progreso científico dentro de una década.

El interés de Quake de quintuplicar el tiempo no es sólo hipotético. Está encabezando uno de los proyectos biológicos más ambiciosos del siglo XXI, catalogando cada célula del cuerpo humano. En septiembre, Quake fue nombrada co-presidente del Chan Zuckerberg BioHub, un nuevo centro de 600 millones de dólares financiado por la pareja en jefe de Silicon Valley. El principal proyecto del BioHub es el Human Cell Atlas, hecho posible gracias a las invenciones (de Quake y otras) que permiten a las científicas estudiar células individuales en chips. Para mantener las innovaciones como las que fluyen, Quake está requiriendo a las 47 investigadoras de BioHub publicar preimpresiones si van a someterse a una revista revisada por pares. “Este es un punto de inflexión en la biología”, dijo Quake a una multitud en la Conferencia Big Data en Biomedicina de Stanford en mayo. “Es una elección cultural, no una cuestión tecnológica”.

Paráte y entregá

Sea o no correcta la estimación de Quake, tiene razón en una cosa: la biología está en un punto de inflexión. Dependiendo de con quién hables, es una revolución populista o una crisis existencial. En el último año, la popularidad de las preimpresiones de biología ha despegado como un SpaceX Falcon 9. Pero todavía representan sólo el 1 por ciento del total de trabajo académico en los campos biomédicos. En comparación, el servidor de preimpresión para físicas y matemáticas en la actualidad alberga 1.275.427 documentos, cerca del 70 por ciento de su canon académico.

Para las físicas, las preimpresiones han sido el método predeterminado para compartir un nuevo trabajo desde los años 90, cuando la gente que estudia partículas de alta energía empezó a traer copias mimeografiadas de sus artículos enviados a conferencias de física. Esa tradición finalmente produjo un repositorio central que vivía en internet: arXiv.org.

La naciente red de Biología está más fracturada. En la actualidad hay siete servidores activos para preimpresiones de biología. Sin estándares ni expectativas claras, las científicas suelen escoger aquel con que estén más familiarizadas.

Sin embargo, y cada vez más, el servidor dominante es uno llamado bioRxiv (se pronuncia bio-archivo). En abril, la Iniciativa Chan Zuckerberg acordó un paquete de financiación plurianual, cuyos términos no han sido revelados, para solidificar el futuro de bioRxiv. El dinero y los recursos de ingeniería también se utilizan para agrupar las herramientas automatizadas del servidor para minería de texto, hacer el contenido del repositorio más accesible a las investigadoras y más fácil de analizar con una máquina. Además de proporcionar un hogar digital para preimpresiones, las científicas también pueden enviar su trabajo directamente de bioRxiv a más de 100 revistas revisadas por pares con sólo unos pocos clics.

Richard Sever, bióloga molecular en Cold Springs Harbor Lab, co-fundó bioRxiv en 2013. Cuando comenzó, las científicas presentaron alrededor de 50 artículos cada mes. La mayoría de ellas eran investigadoras en genómica y bioinformática, personas que antes eran físicas. Ellas cambiaron de profesión sólo por no encontrar ningún servidor de preimpresiones, ni cultura de compartir, nada que coincida con su experiencia previa. Fueron las primeras adoptantes del nuevo repositorio de Sever.

Pero últimamente, se les han unido otras. Las adoptantes de más veloz crecimiento son ahora neurocientíficas, también conocidas por sus antecedentes físicos y computacionales. “Sospecho que veremos muchas olas separadas a medida de que los nuevos campos empiecen a capturar científicas”, dice Sever. Los temas son ya mucho más diversos que cuando Sever comenzó. En aquel entonces, había tantos papers sobre Crispr, que bromeaba que deberían reescribirlos como una revista dedicada a la nueva técnica de edición de genes. “Crispr es un ejemplo perfecto de por qué las preimpresiones son necesarias”, dice. “Las cosas están sucediendo tan rápido.” En el último año, bioRxiv ha crecido exponencialmente; en marzo, llegó a 1.000 nuevos papers añadidos por mes.

Esa rápida expansión crea una fricción. Una de las preocupaciones con las preimpresiones es que las científicas sacrificarán exactitud por velocidad, que en la prisa por ser la primera en el registro científico, terminarán llenando Internet de mierda. Se supone que la revisión por pares tradicional captura errores y se asegura de que el razonamiento científico de un documento es sólido, y subir un papel virgen significa que la gente verá un trabajo que podría ser errado. Pero ése es el punto de las preimpresiones: Permite que un campo entero para sopesar, en público, en lugar de una anónima hablando en el vacío. Sever piensa que en realidad hará que la ciencia sea más rigurosa, permitiendo a las pares-revisoras recopilen información más amplia en un ensayo público.

Y, como señala la bibliotecaria de investigación de la Universidad de Denver, Jeffrey Beall, hay mucha ciencia de mierda por ahí, en gran parte como resultado de otro intento anterior de arreglar los problemas de la publicación académica. A principios de los años 90, las llamadas revistas de acceso abierto hicieron accesible gratuitamente la investigación científica a cualquier persona que trabajara WiFi cambiando los costos a las científicas, quienes pagan una tarifa inicial para cubrir la edición. Pero no es una solución perfecta: algunas revistas se aprovechan de las científicas novatas, cobrando honorarios exorbitantes para publicar material basura sin una revisión cuidadosa. Beall llama a estas editoras predatorias “la mayor amenaza a la ciencia desde la Inquisición”. De 2012 a 2017, Beall mantuvo una lista negra de revistas con dudosas prácticas editoriales, sirviendo como recurso para científicas, periodistas y comités de contratación. Pero en enero, después de cinco años, se vio obligada a derribarlo, ya que su universidad estaba bajo presión de muchas de las revistas a las que apuntaba.

Ahora, la preimpresión puede tener éxito donde las revistas de acceso abierto se han desplomado. Beall es optimista: “Es un poco más caótico, pero no implica el intercambio de dinero, que es la raíz de todo mal en la publicación académica”, dice. “Creo que los servidores de preimpresión podrían ser una forma de dejar obsoletas a las editoriales predatorias”.

Hasta ahora, la preimpresión tiene un buen historial. En este momento, alrededor del 60 por ciento de los artículos sobre bioRxiv pasan a ser publicados en una revista revisada por pares. Mirá a alguien como George Church, la genetista condecorada de Harvard que fue una de las primeras participantes en bioRxiv (y una de esas personas que la pueblan con estudios Crispr). A partir de 2014, ha publicado 28 artículos en el servidor de preimpresión. De ellos, 13 fueron publicados en revistas revisadas por pares como Nature Methods and Science Advances. Los otros 15 no lo fueron, pero más de la mitad de ellos se agregaron en los primeros seis meses de 2017.

Por supuesto, Church no es la norma. Una bien-publicada y famosa-científica como George Church tiene un tiempo mucho más cómo para elegir publicar preimpresiones que biólogas que recién inician sus carreras. Existen riesgos a la publicación en línea antes de la revisión por pares: las científicas no pueden reconocer que las preimpresiones establecen la prioridad del descubrimiento. Las revistas revisadas por pares podrían rechazar un manuscrito si antes ha aparecido como preimpresión. Y la apertura del foro también podría delegar la calidad de la discusión. Ya hay una aplicación, desarrollada por bioestadistas en Johns Hopkins, que permite a la gente deslizar a la derecha en los papeles bioRxiv que les gustan. Sus creadoras dicen que es el “Tinder para preimpresiones” y que es sólo por diversión, pero esperan aprender de ello cómo las científicas valoran diferentes tipos de trabajo.

No sería la primera vez que la gente usa una plataforma en línea de maneras distintas que sus creadoras nunca intentaron: bots de Twitter empujando noticias falsas y grupos de Facebook compartiendo pornovenganza. Es imposible saber cómo la gente va a utilizar las nuevas herramientas antes de que realmente las utilicen. ¿Las preimpresiones son un primer paso hacia su publicación en una revista revisada por pares, un documento de trabajo o algo más? En ausencia de consenso, las reglas sobre las preimpresiones son tan variadas como las biólogas que las publican.

Regeneración Celular

Es posible que te preguntes por qué las científicas se molestan en publicar en revistas después de haber publicado una preimpresión, un sistema intencionalmente construido para subvertir el cuello de botella de la publicación revisada por pares. Pero el sistema de publicación académica y todas las recompensas incorporadas en él no han desaparecido. Lo que significa al menos por ahora, que las carreras de biología no se hagan en bioRxiv. Las revistas tradicionales todavía tienen los pies puestos en las posiciones post doctorales, las líneas de la tenencia, y la financiación del laboratorio.

Algunas de esas publicaciones no intentan ocultar su desdén por las preimpresiones. Lo que obliga a las científicas a elegir entre compartir su trabajo abiertamente o mantenerlo fuera de la red para exponerlo en una publicación con clase. El New England Journal of Medicine no acepta artículos que han sido puestos en libertad en otro lugar (aunque hace que sus artículos estén disponibles gratuitamente seis meses después de la publicación). La Academia Nacional de Ciencias no tomará publicaciones que aparezcan como preimpresiones si tienen una Licencia Creative Commons, requisito que reúne cerca del 70 por ciento de las existentes en bioRxiv. En el otro extremo del espectro, la revista de acceso abierto PLoS Genetics envía a sus editoras a explorar bioRxiv y otros servidores de preimpresión a buscar documentos para publicar.

Pero tal vez ninguna editora impulsa mejor la agitación que Cell Press. Lo cual es apropiado, dado que su diario homónimo fue el primero en propagar la idea de que dónde publicaste importa más que aquello que publicaste. En 1974, el Instituto de Tecnología de Massachusetts lanzó Cell para mostrar el campo emergente de la biología molecular. En ese momento, la norma era que las científicas se sometieran a la revista que mejor se adecuara a su tema y que las editoras publicaran cualquier investigación que pudiera pasar la revisión de pares. Pero el primer editor de Cell, una joven bióloga llamada Ben Lewin, trató su nueva revista como un club exclusivo, rechazando muchos más artículos que los que publicó. Básicamente inventó la editorial de prestigio.

Dentro de los años siguientes, otros títulos como Nature y Science siguieron su ejemplo, saltando a la cima del sistema de clasificación recientemente establecido conocido como el “factor de impacto”. Hace cosas como medir cuántas citas obtiene una publicación y en qué tipo de revistas aparecen esas citas. Ahora comúnmente aceptado como moneda de prestigio científico, las investigadoras que publican en revistas “de alto impacto” tienen más probabilidades de obtener ofertas de trabajo, dinero y atención de los medios de comunicación convencionales.

Ahora con 30 revistas de alto impacto a su nombre, Cell Press es una de esas editoriales que pueden impulsar o romper una carrera. También tiene una rápida relación de adaptación con el proceso de preimpresión. Antes de septiembre del año pasado, la política oficial de Cell Press requería que las científicas que planeaban presentarse a una revista consultaran a una editora antes de enviar una preimresión. Extraoficialmente, a algunas investigadoras se les dijo que no podían publicar una hasta después de que se sometieran a una revisión de Cell Press, a algunas se les dijo que era a discreción de la editora, algunas se desalentaron de publicar. Esto confundió a científicas y abogadas enojadas por la publicación abierta de las investigaciones.

Cell Press actualizó su discurso para aclarar que cualquier documento previamente publicado en un servidor de preimpresiones sería considerado para su publicación, y el acto conversar con una editora fue simplemente alentado, no requerido. Pero aún así, las científicas no estaban convencidas de que los títulos de Cell Press estuvieran completamente en la línea de las preimpresiones.

En marzo de este año, las cosas se pusieron aún más oscuras cuando la editora lanzó su propia plataforma. Llamada “Sneak Peek”, no es exactamente un servidor de preimpresiones (porque las científicas sólo pueden publicar si Cell Press ha aceptado su manuscrito), y no es exactamente acceso abierto (porque es necesario registrarse para verlos gratis). Pero sí permite a las científicas compartir el trabajo antes de la publicación y revisar ese por pares, alardear de su alto perfil al mismo tiempo. “Muchas científicas están preocupadas por el impacto de aprobar y difundir datos no revisados ​​por pares, otras defienden la velocidad y la descentralización sobre el control de calidad”, dice Emilie Marcus, CEO de Cell Press y editora en jefe de Cell Press. “Ambas perspectivas mantienen el mérito y el desafío es encontrar un camino adelante que las respete y las sostenga a ambas”.

En Valleyspeak, Cell Press intenta interrumpir su disruptor. Como muchas científicas han señalado, parece que la empresa con fines de lucro está haciendo movimientos para socavar un modelo sin fines de lucro pensado para compartir información abierta. No hay ‘dinero real’ en los servidores de preimpresión. Nature Publishing Group lo probó hace una década (antes de que fuera Springer Nature) y cerró el servicio después de cinco años. Todos los demás repositorios se sostienen por alguna combinación de donaciones y apoyo de instituciones académicas. Pero si cada revista de marca comenzara a organizar su propia “mirada furtiva”, rompería aún más los esfuerzos para obtener todas las preimpresiones biológicas en un sólo lugar con un conjunto de reglas.

Durante más de un año, una iniciativa dirigida por científicas para promover preimpresiones en biología, llamada ASAPbio, ha estado trabajando con financistas como la Fundación Nacional de Ciencias, los Institutos Nacionales de Salud y la Fundación Gates para desarrollar planes para un sitio de agregación central, junto con estatutos y un órgano elegido por la comunidad para gobernarlo. Pero esas conversaciones fueron suspendidas en abril, luego de que se conociera la asociación entre Chan Zuckerberg Initiative y bioRxiv. No queriendo duplicar ni competir con sus esfuerzos, ASAPbio ahora reevalúa su hoja de ruta hacia un servicio centralizado.

Todavía es demasiado pronto para decir si bioRxiv surgirá como el único servidor de preimpresiones para gobernarlas a todas, o si se convertirá en parte de un plan más grande. Pero si investigadoras como Daniel MacArthur, deciden publicar su trabajo en la red, no siempre será un acto de rebelión. Algún día, será ciencia como siempre. “Creo que no estamos viendo un mundo donde las revistas profesionales desaparezcan mágicamente”, dice. “Pero el modelo de negocio editorial ya no dependerá de ser el único guardián del acceso a la comunicación científica”.

Por ahora, MacArthur tiene un pie en dos mundos. En el campo de la genética a gran escala, las preimpresiones ya se han convertido en un valor predeterminado. Pero muchas de sus colegas de biología clínica siguen siendo cautelosas. Así que están tratando de mostrar el camino con el ejemplo. En una página web de la Unidad de Genética Analítica y Traslacional del Hospital General de Massachusetts, MacArthur y otras miembros del cuerpo docente de la unidad han firmado un compromiso. Se comprometen a depositar cada manuscrito de sus laboratorios en los servidores de preimpresiones como bioRxiv cuando se someten a un diario. “Creemos que es sólo cuestión de tiempo antes de que el concepto de acceso restringido a los productos de la investigación científica se convierta en un anacronismo”, escribieron. “Y esperamos que las comunidades genéticas y genómicas puedan desempeñar un papel de liderazgo en la transición a modelos más ilustrados.”

En la parte inferior, hay un lugar donde otras científicas pueden agregar sus nombres y laboratorios, juran sus propios juramentos de apertura. En este momento la lista no es muy larga. Pero no para de crecer.

Vía Wired

Traducción: Pablo Lozano

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Escritora. Ciencia en @Wired.

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